Die App ctOS-Mobil, welche kurze Zeit nach der Veröffentlichung von Watch Dogs in den Appstores für Android und iOS kostenlos verfügbar wurde, bietet dem Anwender die Möglichkeit über das Internet Freunde und Fremde zu einen Spiel Herauszufordern. während der Gegenspieler Zuhause am Rechner oder an der Konsole sitzt und Aiden im Spiel kontrolliert, steuert der Anwender der App primär einen Hubschrauber. Auf dem Bildschirm zu sehen sind, zum einen der Gegenspieler und dessen Checkpoints, die er zu erreichen versucht, zum anderen aber auch Hindernisse die man mit Hilfe von ctOS seinem Gegner in den Weg legen kann. Was Aiden im Singleplayer bisher seinen Verfolgern entgegen warf bekommt er nun von der ctOS-Mobil zu spüren. So kann der Appnutzer Ampeln hacken und ein Verschaos verursachen um so bestenfalls Aiden in einen Unfall zu verwickeln oder er kann die Straßenbarrikaden hochfahren und Aiden so außer Gefecht setzen. Außerdem hat der Appuser die Möglichkeit Polizeifahrzeuge loszuschicken und mit etwas Geschick kann man den Hubschauber so navigieren, dass der Scharfschütze freies Schussfeld hat. Manches davon muss man aber erstmal freischalten mit Skillpunkten, welche man für das Hochleveln und für das Abschließen von Herausforderungen erhält. In der App gibt es zudem noch einen Editor um seine eigenen Karten zu erstellen und zu spielen.
